1.繁忙航运

大量的船只侵占江豚的栖息地，导致江豚以及其他水生生物的生存空间被急剧压缩，适合水生生物生存的空间日益减少。为了保证通航，航道部门会对航道进行整治施工，造成长江原始的江底与堤岸环境被破坏，鱼类产卵场减少，进而破坏长江食物链。原始堤岸被人为加固后，增加了江豚在近岸水域捕鱼时受伤的风险，比如被尖锐的石头划伤等。航道整治（清理）有时也会使用炸药爆破，导致附近水域的江豚被炸死。

另外，江豚主要靠回声定位生存，长江上船只形成的噪声，极大影响了江豚对声波的接收，甚至损害它们的听觉系统，导致江豚无法辨别方向，个体之间难以正常交流。特别是幼豚声呐系统发育尚不完全，水下噪声造成幼豚与母豚走散、幼豚饿死或意外死亡的事件时有发生。船只的螺旋桨也会对江豚造成直接伤害，不少江豚在水下迷失方向后来不及躲避，被螺旋桨打死或打伤。

2.无序采砂

长江边的大量采砂，导致河床被破坏，底栖生物的生存环境减少，也摧毁了部分鱼类的产卵场，进而影响到整个长江食物链。密集的采砂作业船只导致动物的栖息地破碎化，阻碍了长江江豚的迁移和交流，群体之间被迫隔离，影响其遗传多样性。

采砂作业还经常会导致长江水体的污染，江底的砂通过吸砂管道吸出，直接在江中进行清洗，水底沉积的污染物被重新释放到水体中，特别是一些短时间无法降解的有机污染物，从而影响水生生物的栖息地质量，甚至威胁到周边水域居民的用水安全，目前，在长江干流采砂已被明令禁止。

3.非法渔业活动

过度捕捞致使长江渔业资源急剧衰退，长江江豚因此陷入食物匮乏的窘境。因为鱼类资源枯竭，一些渔民铤而走险，采取更极端的非法捕捞手段，包括“迷魂阵”滚钩、电捕鱼等，直接导致长江江豚受伤或死亡。

江豚进入“迷魂阵”后被困在其中，可能会因为没有食物而被饿死，或因情绪紧张出现强烈的应激反应而死亡。江豚被滚钩缠住后会挣扎，越挣扎缠得越紧，导致其无法出水呼吸，窒息死亡。

电捕鱼是一种十分残忍的非法捕鱼手段，会将通电水域中大大小小的鱼类赶尽杀绝，在通电水域的江豚也难逃死亡厄运，江豚触电后会直接死亡，或触电晕厥后丧失意识，无法出水呼吸，溺水而死。电捕鱼对人的危害也极大，渔民在进行电捕鱼作业时触电身亡的事件时有发生。

4.水体污染

沿江造纸厂、印染厂、化工厂等企业，直接向长江排放超标的污水，导致长江生态环境急剧恶化，水生生物栖息地质量下降，进而使长江江豚食物来源枯竭。水体中重金属等污染物可进入食物链当中，通过各个营养级一步步富集到长江江豚体内，对长江江豚的生理机能造成不利影响，甚至中毒死亡。污染过于严重的水体，还可能直接或间接造成江豚急性中毒死亡。

江豚在野外活动，免不了磕磕碰碰，受点小伤，受伤后，伤口在洁净的水体中基本可以自愈，而在受污染的水体中，伤口可能无法愈合，发生感染，严重者可能引发败血症，导致它们死于非命。对于野外的江豚来说，免疫力是至关重要的，水体污染亦会破坏江豚的自身免疫系统，导致江豚抵抗力下降，从而增加患病的概率。

5.水利工程建设

水利工程建设是导致长江鱼类资源急剧减少的重要原因，也使长江江豚的食物来源面临枯竭。因水利工程建设失去了重要产卵场的鱼类无法繁衍后代，数量出现断崖式下降，甚至走向灭绝。富含大量养分的泥沙被拦在上游，清水下泄，坝下的洲滩无法得到养分，水生态系统遭到严重破坏。