尽管迁地保护在湖北石首天鹅洲故道取得了成功，但是仍然面临一些挑战。按照最初规划，天鹅洲保护区的长江江豚容纳量为50头，但目前，这里江豚种群发展较快，已明显超过最初预估的容纳上限数量，可能导致长江江豚们再度面临食物资源缺乏和生存空间紧张的局面。

    另外，极端气候也可能导致迁地保护区遭受重创。2008年长江中下游地区遭遇罕见寒冬，导致天鹅洲故道内水体结冰，尽管保护人员极力救护，但仍然有6 头长江江豚死亡。

图片来源于《守望长江微笑-长江江豚科普手册》